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博物馆海龟 DNA 片段读取率甚至不到 1%,两个已灭绝的加拉帕戈斯谱系被重新发现

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研究人员分析了博物馆里五块加拉帕戈斯象龟骨头的剩余 DNA 片段,将圣克里斯托瓦尔岛和圣达菲岛的两个灭绝谱系重新放回到系统发育树上。尽管有些样本的整个基因组读取量不到 1%,但我们结合了几种计算方法来估计关系。

这并不意味着我们已经克隆了一只已灭绝的海龟或发现了一个新的现存物种。这是将很少的遗传信息与标准系统发育树相匹配的结果,必须单独确认活体杂交龟中是否保留该基因型以及是否可以用于保护育种。

为什么博物馆骨头中的 DNA 难以读取?

热带环境和较长的储存时间会将 DNA 分解成较短的片段,导致人类 DNA 与周围的微生物混合。通常,分析会丢弃空白过多的样品。这项研究结合了几种基因组估计工具,并比较了活龟和历史标本的高质量系统发育树上的小片段。

鉴定出哪些标本?

研究小组使用了属于两个灭绝谱系的五个历史标本的干燥骨头。新的计算支持圣克里斯托瓦尔的旧洞穴样本和圣达菲样本属于不同的灭绝谱系。据 2022 年线粒体 DNA 研究报道,圣克里斯托瓦尔血统也与当前人群不同。

博物馆海龟 DNA 片段读取率甚至不到 1%,两个已灭绝的加拉帕戈斯谱系被重新发现
这是为说明主题而生成的AI图像,并非真实事件、观测或实验照片。

你是如何将其归类为低于1%的?

完整的基因组不是从单个样本创建的。对于每个读取位置,我们计算了可能的基因型的概率,并找到了最一致地落在由几个已经高质量的海龟基因组创建的参考树上的位置。由于信息越少意味着错误越大,我们对方法进行了对比,看看它们是否支持相同的关系。

您现在可以做什么来帮助保护它?

过去,水手们在岛屿之间运输海龟,其中一些与其他品种进行繁殖。因此,来自灭绝谱系的遗传片段可能仍然存在于现存的杂交种中。然而,仅这项研究并没有选择目标个体或确认育种计划。首先对实际个体进行更详细的基因组测试。

下一个确认是什么

超低密度 DNA 方法是否能在其他样本和物种中重现相同的关系还有待测试。称为谱系的单位也不与法定物种分类完全相同。保护组织在决定是否繁殖它们之前,必须检查现存个体的血统、健康状况和遗传多样性。

原始资料与独立核实

Proceedings B original paper

Yale official research explanation

Independent 2022 genetic study in PMC